9788419284617_Howley.Virus de ARN

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Virología. Volumen 3. Virus de ARN

FIGURA 21-3 Análisis de la identidad nucleotídica (ANI, analysis nucleotide identity ) promedio de los genomas de virus relacionados con el SARS-CoV-2 utilizando el SARS-CoV-2 como genoma de referencia. Análisis de ventana deslizante que muestra la identidad nucleotídica de virus relacionados con el SARS-CoV-2 generados en IDPlot. Las grandes disminuciones de identidad nucleotídica suelen ser indicativas de recombinación genómica con coronavirus relacionados con el síndrome respiratorio agudo grave divergentes. Los posibles puntos calientes de recombinación en 22 kb y 28 kb corresponden a los genes spike y ORF8 , respectivamente. Los números del eje de ordenadas corresponden a los nucleótidos del genoma de los coronavirus.

progenitores del virus pandémico, su descubrimiento dentro de un área geográfica limitada plantea la posibilidad de que el progenitor del SARS-CoV-2 circule de forma natural en el sur de la provincia de Yun nan. No obstante, el sesgo de muestreo y la reciente ampliación del área de distribución conocida del virus relacionado con el SARS-CoV-2 confieren una considerable incertidumbre a esta hipótesis. Aunque la mayor parte del interés sobre los orígenes del SARS-CoV-2 se ha enfocado en la provincia de Yunnan, el informe de principios del 2021 sobre un virus estrechamente relacionado en murciélagos tailandeses del género Rhinopholus 383 amplía el área geo gráfica conocida de este linaje vírico. El BtCoV/RacCS203 presenta una identidad con el SARS-CoV-2 similar a la del BtCoV/RmYN02 y es el virus más estrechamente relacionado con este último. Otro virus similar al SARS-CoV-2 del Sudeste Asiático se identificó retrospec tivamente a partir de muestras de murciélagos Rhinolophus shameli obtenidas en el 2010 en Camboya. Este virus presenta un 92.6% de identidad genómica con el SARS-CoV-2 y contiene un RBD simi lar al del SARS-CoV-2, incluida la conservación de cinco de los seis residuos críticos de contacto de la ACE2 (fig. 21-4). 148 Es probable

rango de hospederos aparentemente más diverso. El BtCoV/RmYN02 se secuenció a partir de una muestra de murciélagos del género Rhino lophus malayanus tomada en el sur de Yunnan y presenta una identi dad nucleotídica aún mayor con el SARS-CoV-2 en el ORF1ab que el BtCoV/RaTG13, 440 siendo aparentemente esta recombinación la res ponsable de una menor identidad en todo el genoma (fig. 21-3). Según el parentesco del SARS-CoV-2 con virus estrechamente relacionados en el ORF1ab , se estima que este virus tuvo un ancestro en común con el BtCoV/RaTG13 hace unos 52 años y con el BtCoV/RmYN02 hace unos 37 años, 389 aunque los intervalos de confianza para estas esti maciones se superponen, lo que genera una incertidumbre considera ble en cuanto a las relaciones evolutivas exactas. En marzo del 2021, se notificó una nueva secuencia del virus en la provincia de Yunnan con una alta identidad con el SARS-CoV-2. El BtCoV/RpYN06 pre senta una identidad nucleotídica a escala del genoma del 94.5% con el SARS-CoV-2 y una identidad del 97.2% en la totalidad del ORF1ab , lo que lo hace tan cercano al SARS-CoV-2 como al BtCoV/RmYN02 ( véase fig. 21-3). 441 Aunque todos estos virus están demasiado distan temente relacionados con el SARS-CoV-2 como para haber sido los

FIGURA 21-4 Alineación de motivos de unión al receptor (RBM). Alineación de secuencias múltiples de RBM de virus similares al SARS-CoV-2 (más SARS-CoV) dentro del dominio de unión al receptor. Seis residuos críticos para la interacción con la enzima convertidora de la angiotensina I de tipo 2 (ACE2) se indican con flechas rojas . El RmYN02, que no se prevé que utilice la ACE2, contiene deleciones, una de las cuales elimina dos de los residuos críticos. Los seis residuos se conservan en el BANAL-20-52 y el PangolinCoV/GD19 y cinco en el RShSTT200. La ausencia de conservación en el SARS-CoV muestra la tolerancia de la unión a la ACE2 en mutaciones de esta región. Copyright © 2024 Wolters Kluwer, Inc. Unauthorized reproduction of the content is prohibited.